有两张农业卡不能查询的原因可能有以下几种可能性：

1. 卡片损坏：农业卡可能因为物理损坏，如刮花、折弯、磁条损坏等，导致无法正常读取卡片信息，从而无法进行查询操作。

2. 卡片过期：农业卡可能已经超过有效期限，通常卡片会有有效期限，一旦过期，卡片将无法继续使用，包括查询功能。

3. 账户冻结或注销：如果持有农业卡的账户存在异常情况，如涉及欠费、盗刷等问题，银行可能会暂时冻结或注销账户，从而导致无法进行查询操作。

4. 系统故障：银行或农业卡提供商的系统可能出现故障，导致无法正常进行查询操作。这种情况通常是临时性的，可以contact相关机构进行咨询或等待系统恢复正常。

无论是以上哪种情况，如果农业卡不能查询，建议持卡人及时contact发卡银行或农业卡提供商，咨询具体原因并寻求解决方案。